Στα πλαίσια της στρατηγικής δημιουργίας ενός Τμήματος που να μπορεί, έστω και χωρίς τα μέσα υλικοτεχνικής υποδομής!, να συμβάλει στην ανάπτυξη της καινοτομίας και ως επακόλουθο την παραγωγή καινοτόμων προϊόντων.  Ο σχεδιασμός προβλέπει την  ανάπτυξη νέων, καινοτόμων διατροφικών προϊόντων, τα οποία να  μπορούν να προωθηθούν αποτελεσματικά στην αγορά, να είναι ελκυστικά στον καταναλωτή, δημιουργώντας έτσι προϊόντα branding, με προστιθέμενη αξία τέτοια που να μπορεί να προσφέρει εισόδημα σε όλους τους εμπλεκόμενους επιχειρηματίες στην αλυσίδα παραγωγής. 
Δεδομένης της ανυπαρξίας μέσων παραγωγής στο ίδιο το Τμήμα, η εν λόγω καινοτόμος πρωτοβουλία ενεργοποιήθηκε με βάση την συνεργασία με επιχειρήσεις τροφίμων της Λήμνου και πανελλαδικά οι οποίες έχουν την υποδομή για να παράγουν προϊόντα, και οι οποίες δήλωσαν εξ αρχής την πρόσθεση τους να συνεργασθούν με το νεοσύστατο Τμήμα.  Η τετραετής αυτή προσπάθεια υλοποιείται με σχετική επιτυχία, έχοντας ήδη αναδείξει αποτελέσματα, σε δύο διαφορετικά επίπεδα:

1. ΠΑΡΑΓΩΓΗ ΠΡΟΪΟΝΤΩΝ:
Πρόκειται για την παραγωγή διατροφικών προϊόντων από τις μικρές, παραδοσιακές επιχειρήσεις τροφίμων της Λήμνου οι οποίες συνεργάζονται με το Τμήμα, και απολαμβάνουν την αναγκαία ακαδημαϊκή, τεχνοκρατική υποστήριξη, αλλά και υποστήριξη mentoring στον σχεδιασμό και την υλοποίηση της παραγωγής.  Η βασικός σχεδιασμός βασίζεται στην δημιουργία της αλυσίδας παραγωγής προϊόντων "από το χωράφι στο ράφι", με στρατηγική "back to the future", ήτοι παραγωγή ξεχασμένων ποιοτικών προϊόντων που είχαν να παραχθούν 30 και πλέον ετών, και μπορούν σήμερα να αποτελέσουν σύγχρονα, υγιεινά διατροφικά προϊόντα του μέλλοντος.

2. ΝΕΑ ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΑ ΠΡΟΪΟΝΤΑ:
Πρόκειται για την πιλοτική παραγωγή, νέων, καινοτόμων διατροφικών προϊόντων από φοιτητές σε συνεργασία με επιχειρήσεις τροφίμων της Ελλάδος, που παράγονται στους χώρους παραγωγής των εταιρειών, στην διάρκεια του έτους, και με τα οποία οι φοιτητές συμμετέχουν στον φοιτητικό διαγωνισμό παραγωγής προϊόντων τροφίμων Ecotrophelia που διοργανώνει εδώ και 3 χρόνια ο Σύνδεσμος Ελληνικών Βιομηχανιών Τροφίμων (ΣΕΒΤ).